a. Proses Asli
Proses orisinil yang boleh menurunkan kualitas air ialah hidrologi, geologi dan biologi. Proses hidrologi melibatkan kitaran air di hidrosfera. Pergerakan tersebut berupaya memindahkan materi pencemar yang berada di atmosfera dan seterusnya jatuh ke permukaan tanah yang kemudiannya mengalir ke sungai. Di atmosfera terdapat pelbagai materi pencemaran menyerupai gas berasid, materi radioaktif, bakteria dan debu. Apabila hujan berlaku, materi pencemaran tersebut akan dipindahkan dari atmosfera ke permukaan bumi dan ini akan menyebabkan pencemaran kepada tubuh air yang terdapat di permukaan bumi termasuk air sungai, tasik, paya, dan mungkin air bawah tanah. Jika keadaan ini berlaku, susah untuk merawat air kerana tempat yang terlipat secara meluas dan sumbernya sukar untuk dikawal.
b. Proses Geologi
Proses geologi ialah satu proses yang berkaitan dengan batuan melalui proses luluhawa. Proses luluhawa kimia terhadap batu-batuan merupakan salah satu proses yang boleh menyumbangkan materi pencemar yang boleh menurunkan kualiti air. Seperti yang kita tahu batu-batan banyak mengandungi unsur kimia. Apabila proses luluhawa kimia berlaku, akan terhasillah materi larut yang akan mengubah ciri-ciri kimia air yang terlibat dan secara tidak pribadi akan menurunkan kualiti air tersebut.
c. Proses Biologikal
Sumber pencemaran air yang paling serius di Malaysia ialah pelbagai acara insan yaitu perlombongan, pembalakan, pembangunan, pertanian, perindustrian.
d. Perindustrian
Pelbagai jenis aktiviti perindustrian di Malaysia, menyerupai elektronik, pengetinan masakan dan minuman, pemprosesan materi mentah, tekstil dan bermacam lagi. Semua jenis perindustrian tersebut menyebabkan pencemaran kerana materi buangan dari tempat perindustrian dialirkan ke tubuh air melalui sistem saliran yang nyata. Sumber pencemaran dari tempat perindustrian boleh dikelaskan sebagai sumber berpunca. Buangan berbahaya ini dikawal di bawah Akta Kualiti Alam Sekeliling 1974 (Pindaan) 1996 dan Peraturan-Peraturan Kualiti Alam Sekeliling (Buangan Terjadul) 1989. Sebanyak 107 jenis buangan industri yang dikategorikan sebagai buangan berbahaya di bawah peraturan tersebut. Bagi mereka yang didapati bersalah oleh mahkamah melaksanakan pelupusan haram buangan terjadual iaitu di tempat yang tidak dilesenkan oleh Jabatan Alam Sekitar, denda maksimum baginya ialah sebanyak RM500,000.00 atau lima tahun penjara atau kedua-duanya.
